為培育製藥產業之專門人才促進國內製藥產業之升級本校於民國 99 年（2010 年）廣納收集國內製藥產業界的人力需要， 並以教育部、衛福部（前身為衛生署）共同規畫之未來十年醫藥人才需求為藍本，提出國內製藥相關產業專門人才的養成計畫， 有幸榮獲製藥產業界及中央各部會極大之回響與支持。 據此，教育部特准本校於 100 學年（2011 年 8 月）度開始招收製藥工程系大學部一班，為國內製藥界及時注入新血。 四年，在本系及製藥產業推動共同培育制度的努力之下(三加一制度)，實習生及首屆畢業生在製藥界工作表現優異， 深獲各界讚揚，惟本系之實習生及畢業生專業人力仍供不應求！復經製藥產業界奔走並遠赴中央部會爭取之下， 民國104 年 5 月（2015 年 5 月)教育部明快核准本系增設製藥工程科五專部一班， 以因應國內自同年 1 月 1 日 製藥界全面實施國際 PIC/S GMP 制度，補充所急需的專業人才缺口。 製藥工程科培育方式同樣採用學界/製藥產業界共同培育制度，包括校內專業基礎養成教育及製藥產業實務技能教學 (實習生領有實習津貼)。 製藥工程系大學部及製藥工程科專科部畢業生，將成為國內製藥相關產業之研發、製造、品保、 檢驗分析等核心部門的主力，促成國內製藥相關產業的轉型升級， 達到 PIC/S GMP 規範所要求的跨國際水準， 大幅提高國內製藥產業產品之產值並大幅擴展國內醫藥產品的全球化市場。
教育目標
為製藥界培育製造及研發人才，為本系首要教學目標，本系學生將習得下列知識：
● 製劑之製造技術與理論
● 製劑生產管理
● 製劑製造工廠之相關軟硬體的規劃
● 設計與管理
● 製劑相關檢驗工作之理論與實務
招生
四技 大學部製藥工程系招生高中職畢業生一班，採多元管道入學(包含：申請、技優、推甄、獨立招生、聯合登記分發等管道)，一般修業年限 4 年，畢業授與學士學位。
五專 專科部製藥工程科招收國中畢業生一班，採一般免試管道入學。一般修業年限 5 年，畢業授予副學士學位。
專門證照
在學期間及應屆畢業生可報考：化學乙、丙級證照、食品檢驗分析乙、丙級證照、壓力容 器操作證照。 (所有證照均為融入授課課程，本系設有專人輔導大學部及專科部學生取得各類專門證照)。
就業出路
● 任職製藥產業、化妝品產業、健康食品產業、畜牧寵物醫藥產業之製造、研發、品保、檢驗分析等部門專業人員及領導幹部。
● 上列就業產業之行銷、推廣之專業人員及領導幹部(活潑富創意者合適)。
升學進修
● 大學部應屆畢業生可直接報考本系製劑製造組＜製藥組＞碩士班，專科部畢業生在職兩年 後直接報考本系製劑製造組碩士班， 取得碩士學位；或報考國內各醫學大學之藥 學或製劑製造相關之碩士班，取得碩士學位。
● 專科部畢業生可選擇直升本系製藥工程系二年制技術系，取得學士學位。
● 專科部畢業生畢業後直接插班報考各大學院校，取得學士學位。
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